Né à Prerov en République Tchèque, il étudie le violon et la direction d’orchestre dans son pays natal puis au Kungliga Musikhögskolan Stockholm. Son Premier Prix au Concours International Georg Solti lui ouvre les portes d’une carrière internationale : il est invité au Printemps de Prague et immédiatement après aux Salzburger Festspiele.

Depuis, il dirige régulièrement de prestigieuses formations : le Wiener Symphoniker, le Dresdner Philharmonie, le Tonhalle-Orchester Zürich, le London Philharmonic Orchestra, l’Orchestre National de France, l’Orchestre Philharmonique de Monte Carlo, le Yomiuri Nippon Symphony Orchestra, entre autres. Les engagements se succèdent également à l’opéra où il dirige notamment Rusalka, Lohengrin, Die Walküre, Dame de Pique, Fidelio, Der Rosenkavalier, L’Affaire Makropoulos, et Orfeo.

Force d'inspiration dans la musique tchèque et slave tout particulièrement, Tomáš Netopil est premier chef invité du Česká filharmonie de Prague et directeur artistique du Festival Janáček. Lors de la saison 2022-23, il célèbrera sa dixième saison comme directeur général de la musique du Theater und Philharmonie Essen.

Reflétant son intérêt pour la transmission, il crée en 2018, l’Académie internationale d'été de musique de Kroměříž, qui offre aux étudiants un enseignement exceptionnel et la rencontre avec de grands artistes. L'été 2021, en association avec le festival Dvořák de Prague, l'Académie crée le Dvořákova Praha Youth Philharmonic.