Violoniste de renom dans le domaine de la musique baroque, auteur d'une méthode d'apprentissage, Stefano Montanari mène de surcroît une carrière de chef d'orchestre, et non des moindres. Grand spécialiste de Rossini, il dirige très souvent ses opéras, comme Il barbiere di Siviglia à Vérone ou Venise, La Cenerentola à Lyon, Édimbourg et Rome, Il viaggio a Reims à Amsterdam et Rome mais aussi son Stabat Mater à Varsovie.
Il est très souvent invité pour diriger Mozart, à Lyon (Don Giovanni dans la mise en scène psychanalytique de David Marton), à Anvers (La clemenza di Tito) ou encore à Moscou (Così fan tutte). En 2021, il a été invité à l'opéra de Zurich pour diriger la version de Berlioz d'Orphée et Eurydice de Gluck. Lors de la saison passée, il a fait enfin sa première apparition au Grand Théâtre de Genève à l'occasion d'Anna Bolena.