Fabio Luisi propose une programmation très diversifiée. Avec l’Orchestre, il dirige deux opéras, dans la fosse du Grand Théâtre de Genève (Nabucco en 1994 et Tosca en 2001), et enregistre deux opéras de Verdi (Jérusalem, Alzira), chez Philips ainsi que l’intégrale des symphonies d’Arthur Honegger, pour la Radio Suisse Romande–Espace 2. Sous sa direction, l’OSR rayonne sur son territoire et entame une reconquête des villes européennes: ils participent, avec l’Orchestre de Chambre de Lausanne, à la fête des Vignerons en 1999, et retournent au Japon ainsi qu’au Musikverein de Vienne.