Isabelle Bourgeois commence le cor à l’âge de 8 ans. À 13 ans, elle reçoit la Médaille d’or du Conservatoire de Montbéliard dans la classe de son père, Jean-Marie Bourgeois, puis celle du Conservatoire de Besançon dans la classe de Walter Bellagamba. Elle réussit la même année le concours d’entrée du Conservatoire national de Paris et obtient, en 1987, les Premiers Prix de cor et de musique de chambre. Elle se perfectionne par la suite à la Hochschule d’Essen dans la classe d’Hermann Baumann.

Isabelle Bourgeois rejoint le pupitre des cors de l’Orchestre de la Suisse Romande en 1989 et obtient, en 1993, le poste de soliste remplaçante.