Né à Genève, Emmanuel Pahud commence à 6 ans ses études musicales. Après avoir obtenu son prix au Conservatoire de Paris, il suit l’enseignement d’Aurèle Nicolet. Il remporte plusieurs premiers prix internationaux, il est également lauréat de la Fondation Yehudi Menuhin. À 22 ans, il est nommé première flûte de l’Orchestre philharmonique de Berlin, dirigé alors par Claudio Abbado, position qu’il occupe toujours.
Depuis lors, il donne des récitals et concerts dans le monde entier, est l’invité régulier de festivals importants tant en Europe, aux États-Unis qu’en Asie.
Il est également un chambriste accompli et donne des récitals avec Éric Le Sage, Alessio Bax, Yefim Bronfman, Hélène Grimaud, Stephen Kovacevich et avec le pianiste de jazz Jacky Terrasson.
En 1993, aux côtés d’Éric Le Sage et de Paul Meyer, il fonde le festival de musique de chambre de Salon de Provence qui est totalement dédié à la musique de chambre. Par ailleurs, il continue de collaborer avec Les Vents français et ses collègues de l’Orchestre philharmonique de Berlin.
Depuis 1996, Emmanuel Pahud a enregistré 40 albums en exclusivité pour EMI/Warner Classics ce qui, au fil du temps, est devenu une extraordinaire collaboration qui a enrichi de façon considérable le répertoire enregistré pour flûte.
En 2009, Emmanuel Pahud est élevé au grade de Chevalier dans l’Ordre des Arts et des Lettres par le Gouvernement français pour sa contribution à la musique et en 2011, il est récompensé par le titre de Honorary Member of the Royal Academy of Music (Hon RAM) de Londres. Il est ambassadeur pour l’UNICEF.