Emmanuel Morel entre à l’Orchestre de la Suisse Romande en 1998, d’abord au poste d’alto tutti et depuis 2007 à la fonction de soliste remplaçant.

Après s'être perfectionné auprès de Serge Collot et Colette Lequien, il entre en 1994 au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris dans la classe de Bruno Pasquier et Françoise Gnéri. Il y obtient trois ans plus tard son Diplôme de Formation Supérieure avec Mention Très Bien.

En parallèle de sa formation instrumentale, Emmanuel Morel suit également un cursus universitaire, et obtient une Licence en musicologie.

Il bénéficie plus tard de l'enseignement de musiciens tels que Pierre Boulez, Sir Colin Davis, Bernard Haitink ou encore Mstislav Rostropovitch.

Dès 1996, il est très régulièrement invité à jouer à l'Orchestre de Paris, ainsi qu'à l'Orchestre National de l'Opéra de Paris.

La musique de chambre a occupé une place prépondérante dans son activité musicale, de la sonate avec piano avec le Projet Allegria Musique à l'orchestre de chambre. Il a également été pendant vingt ans l'altiste du Quatuor Florestan, devenu le Quatuor de Genève en 2011.

Enseignant dès 1995, également appelé comme juré aux conservatoires de Genève, Neuchâtel, Lausanne, il a été professeur d’alto (métier d’orchestre) à la Haute École de Musique de Genève.