Mihoko Fujimura se produit au Staatsoper de Vienne, à la Scala de Milan, au Royal Opera House, et au Teatro Colón de Buenos Aires, parmi tant d'autres. Elle est notamment apparue au Festival de Bayreuth dans des opéras de Wagner pendant neuf saisons.

Mihoko Fujimura s’est produite en concert avec l’Orchestre Philharmonique de Vienne, l’Orchestre Royal du Concertgebouw d’Amsterdam, l’Orchestre Philharmonique de Berlin, l’Orchestre Symphonique de la Radio bavaroise, l’Accademia Nazionale di Santa Cecilia  de Rome, l’Orchestre Philharmonique de La Scala, l’Orchestre Philharmonique de Munich, l’Orchestre Symphonique de Londres, l’Orchestre Philharmonique de Londres, l'Orchestre Philharmonique de Radio France, l'Orchestre de Paris, l'Orchestre du Gewandhaus de Leipzig, la Staatskapelle de Dresde, l'Orchestre Symphonique de Boston, l’Orchestre de Philadelphie, l'Orchestre Symphonique National de Washington, l'Orchestre Symphonique de Montréal, l'Orchestre Philharmonique d'Israël, l’Orchestre du Festival de Lucerne, l'Orchestre Symphonique de Bamberg et l'Orchestre de Chambre Mahler.

Parmi ses enregistrements auprès d’EMI Classics on peut compter la Symphonie N° 3 de Mahler avec l'Orchestre Symphonique de Bamberg et Jonathan Nott. On lui doit également six disques de récital solo pour le label Fontec. En 2014, le gouvernement japonais lui a accordé la Médaille au ruban pourpre pour ses contributions artistiques et académiques.